电子商务及供应链系统重庆市重点实验室重点开展电子商务及供应链系统领域的基础理论和应用基础研究，着重解决电子商务服务及供应链系统中具有普遍意义的基础科学问题，兼顾该领域应用技术研究和高新技术开发；努力推动信息科学、管理科学与工程、经济学等多学科的交叉与融合，提升重庆市乃至西部地区在现代服务业领域的自主创新能力和产业发展潜力。
围绕电子商务、现代物流及供应链系统等现代服务科学发展方向，结合重庆及我国西部地区电子商务与现代物流基础设施和交易平台建设实际，实验室目前主要在以下三个方向开展研究。
1.电子商务理论与技术
该方向根据当前电子商务应用与发展状况、现有电子商务基础设施与政策环境和重庆及我国西部地区的区位特点等，重点对电子商务协同服务的基础结构、业务模式、虚拟市场秩序监管、电子商务安全与可信计算环境、移动电子商务服务与接入控制、海量交易数据的多维特征分析与数据挖掘、在线商品搜索与智能推荐、网络购买行为与网络购物体验等电子商务基础理论及其关键技术进行系统性研究和创新，促进虚拟经济与实体经济的实质性融合。
2．供应链理论与技术
该方向以供应链管理和供应链技术体系为基础内容，重点研究供应链环境中，供应链的管理与决策模式，供应链结构优化与效率的提升，低碳经济下的绿色供应链构建，电子商务物流配送流程优化与再造的策略和措施等；针对自然灾害应急救援的实际需求，研究基于集成供应链的重大自然灾害应急救援物流管理及其预决策的动态优化与控制；针对制造业物流的特点，研究在供应链环境中企业的先进制造服务管理模式与物流配送优化等。
3．电子商务与物流集成
该方向结合语义网和物联网理论，以“共性支撑、横向协同、模式创新、产业发展”的原则，重点研究电子商务与物流领域基于语义网与物联网的商务物流知识表达、商务物元识别与寻址、服务定向等机制和模型；通过信息获取、处理和融合，研究基于“物物感知”、“物物协同”等自然理解的电子商务与现代物流服务匹配模型，构建精准物流、感知物流和协同物流的基础理论、技术体系和管理体系，实现电子商务物流的智慧化；研究基于协同电子商务的企业资源规划（ERP）、客户关系管理（CRM）、供应链管理（SCM）与现代物流管理集成理论与技术，构建电子商务交易信息与物流信息的优化流转、融合计算、事务执行与监控等商贸物流信息综合服务集成的技术体系和电子商务物流服务质量绩效评估指标体系和模型。通过研究整合优势资源，创新服务模式，促进电子商务与企业经营、现代物流等信息服务的有效融合与集成。
