根据《重庆市市级重点实验室管理办法》，实验室实行依托单位——重庆工商大学直接领导下的主任负责制，机构设置如图1所示。
图1电子商务及供应链系统重庆市重点实验室机构设置
学术委员会
学术委员会是实验室的最高学术机构，主要职责是：负责审定实验室发展规划、研究方向；审议年度工作计划；评审开放课题；对实验室科研工作的重大事宜提供论证和咨询；开展学术交流等。学术委员会由本学科知名专家、学者组成。
管理委员会
管理委员会主要负责实验室建设期间的指导和协调及建成后的管理工作，保障实验室的规范运行和建设目标的实现。建设管理委员会由重庆工商大学主要行政部分负责人担任。
实验室主任
实验室主任全面负责实验室建设与发展工作。主要负责制订实验室建设规划和计划，并组织实施和检查执行情况；领导并组织完成实验室承担的研究任务；开展社会服务和技术开发，开展学术、技术交流；完成仪器设备的管理、维修等工作，使仪器设备经常处于完好状态；严格执行实验室工作的各项规章制度，加强对工作人员的培训和管理。
